A nem megfelelően részletezett árajánlatok rejtett költségeket eredményezhetnek. Előfordulhat, hogy egy első pillantásra kedvező ajánlat nem tartalmaz bizonyos munkafolyamatokat, kiegészítő anyagokat vagy járulékos költségeket. A beruházó ilyenkor csak a generálkivitelezés során szembesül azzal, hogy egyes feladatok külön díjazás ellenében valósíthatók meg. A részletes, tételes költségvetés segíthet az ilyen helyzetek elkerülésében.

Sok esetben a hatósági előírások és engedélyezési folyamatok is okozhatnak váratlan kiadásokat. Egyes generálkivitelezési munkákhoz speciális engedélyek, szakhatósági hozzájárulások vagy kiegészítő dokumentációk szükségesek. Amennyiben ezek nem kerülnek időben figyelembevételre, a generálkivitelezés projektje nemcsak drágábbá válhat, hanem jelentős csúszást is szenvedhet.

A generálkivitelezési határidők módosulása szintén közvetett költségeket eredményezhet. Ha egy projekt elhúzódik, annak nemcsak a munkadíjakra lehet hatása, hanem a bérleti díjakra, az ideiglenes elhelyezés költségeire vagy akár az üzleti működés kiesésére is. A jól kidolgozott ütemterv és a folyamatos generálkivitelezési projekt követés jelentősen csökkentheti az ilyen jellegű veszteségeket.

Gyakori hiba az is, hogy a beruházók a generálkivitelezés során folyamatosan módosítják eredeti elképzeléseiket. Bár természetes igény lehet bizonyos részletek átgondolása, minden változtatás többletmunkát, új anyagbeszerzést vagy áttervezést igényelhet. Ezek a módosítások gyakran jelentősen növelik a végösszeget. Éppen ezért érdemes már a generálkivitelezési projekt elején minél pontosabban meghatározni az igényeket és a műszaki tartalmat.

A rejtett költségek elkerülésének egyik leghatékonyabb módja a megfelelő tartalékkeret kialakítása. Még a leggondosabban előkészített generálkivitelezési projektek során is előfordulhatnak előre nem látható események, ezért célszerű a teljes költségvetés egy meghatározott részét erre a célra elkülöníteni. Ez nagyobb pénzügyi biztonságot nyújt, és csökkenti a váratlan helyzetekből fakadó stresszt.

A sikeres generálkivitelezés alapja a részletes tervezés, az átlátható költségvetés, a pontos szerződéses feltételek és a folyamatos kommunikáció. Egy tapasztalt generálkivitelező nemcsak a munkák megszervezésében segít, hanem felhívhatja a figyelmet azokra a kockázatokra is, amelyek később többletköltséget okozhatnának.