Egy építkezés vagy teljes körű felújítás megkezdésekor a legtöbb beruházó igyekszik pontos költségvetést készíteni, hogy elkerülje a váratlan kiadásokat. A gyakorlat azonban azt mutatja, hogy a generálkivitelezési projektek során gyakran merülnek fel olyan költségek, amelyek a kezdeti tervekben nem szerepeltek, vagy csak részben kerültek figyelembevételre. Ezeket nevezzük rejtett költségeknek. Bár nem minden esetben lehet teljes mértékben kizárni őket, megfelelő előkészítéssel, körültekintő tervezéssel és szakmai támogatással jelentősen csökkenthető a kialakulásuk kockázata.

A generálkivitelezés egyik legnagyobb előnye, hogy a beruházó egyetlen szerződő partnerrel dolgozik együtt, aki koordinálja a teljes kivitelezési folyamatot. Ez egyszerűbbé teszi a kommunikációt és az ütemezést, ugyanakkor a projekt sikeressége nagyban függ attól, hogy a munka megkezdése előtt mennyire részletesen sikerül feltérképezni az összes szükséges feladatot és azok várható költségeit.

Az egyik leggyakoribb rejtett költségforrás a hiányos vagy pontatlan tervezés. Ha a generálkivitelezés megkezdése előtt nem készül részletes műszaki dokumentáció, akkor a munkálatok során számos olyan körülmény derülhet ki, amely módosításokat tesz szükségessé. Egy nem megfelelően megtervezett elektromos hálózat, egy elfelejtett gépészeti csatlakozás vagy egy rosszul meghatározott anyagmennyiség mind olyan tényező lehet, amely többletköltséget eredményez. A részletes tervezés ugyan kezdetben magasabb előkészítési ráfordítást jelenthet, hosszú távon azonban jelentős megtakarítást eredményezhet.

Szintén gyakori probléma generálkivitelezés során a meglévő épületszerkezetek nem megfelelő felmérése. Különösen felújítások esetén fordul elő, hogy a bontási munkák során derülnek ki olyan hibák, amelyek korábban nem voltak láthatók. Elöregedett vezetékek, meggyengült tartószerkezetek, rejtett nedvesedés vagy szakszerűtlen korábbi javítások mind növelhetik a generálkivitelezési projekt költségeit. Egy alapos műszaki állapotfelmérés segíthet ezeknek a kockázatoknak a korai azonosításában.

A kivitelezési anyagok árváltozása szintén jelentős hatással lehet a végső költségekre. Az építőiparban az alapanyagok ára időről időre változhat, különösen hosszabb generálkivitelezési projektek esetében. Ha a szerződés nem rendelkezik egyértelműen az árak rögzítéséről vagy az esetleges változások kezeléséről, akkor a beruházó váratlan többletkiadásokkal szembesülhet. Éppen ezért fontos olyan szerződési feltételek kialakítása, amelyek egyértelműen szabályozzák az árképzés módját.